Почему при дублировании объекта с применёнными материалами, материалы на копии не дублируются?

Материал скорее всего был задан через Create Item Mask, дубликаты уже другими итемами считаются. Нужно задать материал исходному мешу с помощью клавиши M, предвариетльно выделив нужные полигны.
Не забывайте, что на Instance можно задать любой материал как и на любой Mesh. Когда случается такая тема как отсутствие материалов на Instance поставьте Polygon Tag на All.