Есть ли функция удаления дублирующихся вершин во всем объекте?

Боковая вкладка Vertex там есть Merg Tool. Нужно задать расстояние очень маленькое т.к. они одна на одной и применить.

Еще можно попробовать воспользоваться утилитой Mesh Cleanup

В появившемся окне выбрать нужные параметры или оставить как есть и назать ОК.