Как объединить два полигона находящихся друг на друге в одинаковых координатах?

Два полигона, имеющие одинаковые координаты, имеют вертексы, каждый свои.
Нужно перейти на вкладку Vertex и выполнить команду Merge, тогда вертексы, имеющие одинаковые координаты сольются и у двух полигонов будут общие вертексы.
И после этого заработает команда Reduce - Unify  на вкладке Polygon, которая «сольет» 2 полигона вместе.

Или пойти еще более простым путем, выполнив команду Mesh Cleanup

Выбрать нужные параметры или оставить как есть и нажать ОК.